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青年导师指导能力提升计划沙龙活动—Large Scale 3D Chromatin Reconstruction From Chromosomal Contacts
  审核人:

报告题目:Large Scale 3D Chromatin Reconstruction From Chromosomal Contacts

           (从染色体接触重建大规模3D染色质)

报告人:李帅成教授

• 1997-2001:新加坡国立大学,计算机系,荣誉学士;

• 2001-2002: 2001年被邀请加入国立大学“加速硕士项目”,于2002年获得完成硕士学位;

• 2002-2004:担任国立大学数据库实验室的研究助理,主要从事序列比对研究;

• 2004-2009:在加拿大滑铁卢大学李明教授实验室从事蛋白质结构研究。博士毕业后,被滑铁卢大学颁发杰出表现奖;

• 2009-2011:加州大学伯克利分校博士后,从事蛋白质结构及其他生物信息问题的研究;

• 2011-至今:香港城市大学教授,目前的研究兴趣包括生物信息学、算法和机器学习等。

会议时间:2019年7月10日10:30

会议地点:友谊校区图书馆研修间513

会议主持:尚晓娅、卢慧甍副教授

内容简介:从染色体接触重建大规模3D染色质

空间折叠可以使沿着核苷酸序列的两个远距离的基因接触。识别这些接触对于了解基因的活动很重要。在过去的十年中,这推动了诸如hi-c等方法的提出,以检测远程交互。通过应用距离几何技术从Hi-C数据推断染色体三维结构,人们可以进一步获得对接触的了解,Chromsde和Shrec3d等算法已经证明了这一点。

然而,基于矩阵算法的数据集消耗了太多空间和时间。一个涉及了大约30000个位点的100kb碱基分辨率的人类基因组,需要千兆字节来存储这个数据。在这项工作中,我们提出了一个距离矩阵的简洁表示方法,极大地减少了空间的消耗。

我们通过求解大规模加权多维尺度问题,给出了一个完整的解决方案,称为SuperRec,用于从Hi-C数据推断染色体结构。SuperRec比以前的系统运行速度更快,而且不会影响结果的准确性。使用SuperRec,我们能够以比现有方法快400倍的速度重建30,000个基因座的结构:SuperRec花费了43分钟重建结构,而ShRec3D则花费了13天。

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